儿茶素的生物转化途径主要有酶促氧化、自动氧化和水解3种。实测表明，经汽蒸、渥堆、压制至发花前的三天里，儿茶素在发花前已经下降了10.7%，发花后又下降了13.6%，这说明均系非酶促氧化所致。儿茶素组分分析表明，在汽蒸、渥堆、压制至发花前期（3天内），（-）-EGCG降低了39.5%，而（±）-C含量提高了28.6%，（-）-EC提高114.8%。发花三天以后，儿茶素各组分均呈下降趋势，其中（-）-EGCG含量降低20.9%，（-）EGC降低72.3%，显然，在湿热条件下，酯型儿茶素的水解是儿茶素减少的主要途径；而在发花的中、后期（3～12天）内，则是由于微生物分泌的多酚氧化酶的酶促氧化，使得儿茶素各组分都有较大幅度的减少。其中对茶黄素（TF）、茶红素（TR）和茶褐素（TB）的分析结果表明，在发花的过程中，茶黄素、茶红素的含量均明显增加，尤其以是在发花的前9天这段时间里增加明显。茶褐素则主要是在开始发花9天后增加明显。因此，儿茶素组分的氧化聚合，使得茶黄素（TF）、茶红素（TR）和茶褐素（TB）的形成并有所积累，这些变化对于茯砖茶特有的色泽和醇和滋味的形成是必不可少的。

而对于茯砖茶中的咖啡碱、可可碱、茶碱等属杂环含氮化合物，其环状结构比较稳定，难以破坏，所以其变化主要表现在甲基的转移上，而造成各成分之间的相互转化。微生物对于这类杂环含氮化合物和利用能力可能不强。因此，在茯砖茶的加工中，含量较高的咖啡碱的变化幅度很小，而含量较低的可可碱和茶碱的变化幅度则较大，分别提高了2.8倍和2.4倍，但三个嘌呤碱的总量的变化则甚小。

根据上述的实测与研究表明，由于微生物各类胞外酶的作用，使得茯砖茶中的一些难溶性高分子物质或大分子物质（如果胶、纤维素等）含量降低，可溶性物质增加，这些对茯砖茶品质的形成是十分有利的。

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